2001 avvisades Ahmed Agiza tillsammans med Mohammad Alzery till hemlandet Egypten, anklagade för kopplingar till en terrororganisation. Avvisningen skedde under förnedrande former med stöd av amerikanska CIA.
Inför avvisningen hade den egyptiska regeringen lämnat garantier till Sverige om att de båda männen inte skulle utsättas för tortyr eller dömas till döden. Trots detta har både Agiza och Alzery uppgett att de misshandlats och torterats i det egyptiska fängelse.
Avvisningen och godtagandet av den egyptiska garantin väckte kritik från flera håll, bland annat av justitieombudsmannen, riksdagens konstitutionsutskott, FN:s kommitté för mänskliga rättigheter, FN:s tortyrkommitté och Europarådet.
Efter återvändandet dömdes Agiza till 25 års fängelse i Egypten, ett straff som senare sänktes till 15 år. Förra årets släpptes han ur fängelset. Under hela processen har Ahmed Agizas fru och barn levt i Sverige. Och nu har alltså även Ahmed Agiza beviljats permanent uppehållstillstånd i landet. Migrationsverkets beslut kom efter att Säpo utrett Agiza.